芝加哥大学。
低温电镜中心,晚上十点半。
程新竹烦躁地抓了抓头发,将一张废掉的铜网丢进垃圾桶。
她已经在这里耗了整整一周。
格林伯格教授的评价像一根刺,扎在她心里。
为了解决“构象异质性”的问题,她回归了最传统、最笨的办法??优化样品制备。
她尝试了不同的缓冲液配方,调整了冷冻时的降温速率,甚至换用了更昂贵的,表面经过特殊处理的碳支持膜。
结果毫无改善。
她得到的,依旧是一群面目模糊的“幽灵”。
程新竹靠在冰冷的实验台上,感觉一阵无力。
她知道自己钻进了牛角尖,却找不到出口。
MSN的窗口里,林允宁的头像闪动了一下。
【Lin】:你之前说,你们的Cryo-EM数据,是“连续曝光”的?
程新竹嘟了嘟嘴,觉得有点烦躁。
这人,问这废话干嘛啦?
但她还是礼貌地回了消息。
【竹子不是猪】:当然是连续曝光啊,不然怎么追踪动态过程?哎呀,我们都是把几万张图叠加取平均,来提高信噪比的。你问这个干嘛?
接下来,是良久的沉默。
十分钟后,那边才发来一条消息。
【Lin】:我想,我们都错了。
看着莫名其妙的留言,程新竹索性拿起手机,拨通了林允宁的号码。
“喂?看到我的消息了么?”
电话那头,林允宁的声音很清醒,不像刚睡醒的样子。
“我失败了。”
程新竹自顾自地抢先抱怨,声音有些沮丧,“样品优化没用,构象异质性是这个体系固有的性质,绕不开。”
“我知道。”
“你知道?”
程新竹愣了一下,“那你这几天在干嘛?找到解决办法了?”
电话那头沉默了几秒,然后传来林允宁平静的声音。
“你现在有空吗?开车来一趟I-House,我们当面聊。”
一刻钟后,国际学生公寓 (I-House)一楼大厅。
这里像个小型联合国,几个印度学生围着一张桌子打牌,角落里两个韩国女生在用笔记本看韩剧。
空气中飘着一股咖啡和黄油面包的混合味道。
林允宁正站在一张破旧的台球桌旁,手里拿着一根磨损严重的球杆,面前摆着一个标准的开球三角。
程新竹风风火火地冲了进来,看到这场景有点懵。
“你叫我来,该不是陪你打台球吧?”
“你看。”
林允宁没回答,他俯下身,一杆大力开球。
“砰”的一声闷响,白球撞入球堆,彩球四散开来,滚向桌面各处,最终停在不同的位置。
“这就是我们之前在做的事,”
林允宁直起身,用球杆指了指桌面上混乱的彩球,“我们想通过观察这些球最终停在哪,来反推出开球时,白球的速度和角度。这是‘观相’。”
他走到桌边,把所有彩球重新摆回三角形。
“但我们忽略了一点,”
他再次俯身,这一次,他用了一个完全不同的角度和力道,轻轻一推。
白球慢悠悠地滚过去,踏开球堆,彩球们互相碰撞,走出了完全不同的轨迹,最终停在了另一组位置上。
“同样的开球状态,只要中间的‘路径’稍微有点不同,终点就天差地别。”
林允宁放下球杆,看着程新竹。
“构象异质性’不是需要被消除的噪声,它本身就是蛋白质错误折叠‘路径”的痕迹!我们一直想看清终点,却忘了去记录过程。”
程新竹的眼睛亮了。她快步走到台球桌旁,拿起一颗红球。
“我懂了......所以,我们不应该把几万张图叠加平均,那会抹掉所有的路径信息。我们应该把它们......串起来?”
“对。”
“但这怎么做?"
程新竹的眉头又皱了起来,“每一张图都是一个独立的快照,我们怎么知道哪一张在前,哪一张在后?它们之间没有时间顺序啊!”
“所以我们要放弃‘重建”的思路,”
林允宁领着她,走到旁边一台老旧的桌面足球机前,“我们要‘计算”。’
他拨动了一下红方的小人,塑料小球在小小的绿茵场上滚动。
“我们不需要知道每一帧画面的顺序。我们有物理规律。我们可以建立一个能量模型,把所有可能的蛋白质构象,都看作是能量平面上的一个个山谷”。蛋白质的折叠过程,就是小球在这个能量平面上滚动的过程。
“我们要做的,不是去拼凑小球最终掉进了哪个山谷,而是用物理学家的武器,去计算出它最可能走的那条'下山路径”。从健康的‘山顶',到病变的‘谷底,能量最低,最省力的那条路。”
林允宁的声音不大,但每一个字都像锤子,敲在程新竹的心上。
“这......这是计算生物学的范畴了。”
程新竹喃喃自语,“这需要巨大的计算量,而且......我们怎么知道那个能量模型是对的?”
“这个我来想办法,”
林允宁笑了笑,“我们可以把你的几万张终点图像,作为'约束条件,来反推那个能量地形图。这叫‘逆问题’。’
两人就细节问题一路聊着,在大厅中漫无目的地并肩而行。
时而打两手台球,时而拨弄两下桌面足球,最后双双坐到大厅角落一张半旧的沙发上。
程新竹从一开始的震惊,到兴奋,再到冷静思考,她脑子里飞快地闪过各种生物学上的细节。
“我明白了......这套思路如果能成,我们得到的将不只是一个静态的结构,而是一部蛋白质错误折叠的‘电影'!”
她越说越兴奋,忽然又想起了什么,好奇地看着林允宁,“你为什么对阿尔茨海默症这么上心?这好像不是你的专业领域。”
林允宁沉默了一下,看着远处窗外的夜色。
“我一个很重要朋友的母亲,得了这个病。情况......不太好。”
他轻声说,“我想找到一个办法,就算治不好,至少能让她稳定下来。”
程新竹脸上的兴奋慢慢褪去,取而代之的是一种复杂的、带着点悲伤的理解。
“我阿?也是。”
她把头靠在沙发背上,声音也低了下去,“她最后几年,谁都不认识了,连吃饭上厕所都要人帮忙。有时候半夜会突然大哭,像个小孩子一样。她以前是我们村里最爱干净、最体面的老师。”
她说得很平静,但林允宁能听出那平静下的痛。
“所以我才选了这个方向。”
程新竹转过头,看着林允宁,眼神前所未有的坚定,“我不想再看到任何人,那样没有尊严地离开。”
科学的尽头,不是玄学,更不是宗教,而是人文关怀。
科学家们所做的一切,也永远不是为了取悦“造物主”,而是为了人类的福祉和满足人类与生俱来的好奇心。
两人之间,一种无言的默契悄然建立。
他们不再只是合作者,而是拥有共同目标的战友。
“好了!”
程新竹深吸一口气,从沙发上弹了起来,脸上重新恢复了活力,“方向定了,明天我就去准备。为了庆祝咱们找到新大陆,本天才决定……………”
她环视了一圈大厅,目光落在了角落里那架落了些灰尘的立式钢琴上。
“......为你演奏一曲!”
她跑到钢琴前,掀开琴盖,试了几个音,然后坐直身体,手指轻盈地落在琴键上。
一阵清澈、空灵的旋律,在大厅里缓缓流淌开来。
是《千与千寻》的主题曲,《永远同在》。
那旋律干净、温柔,带着一丝淡淡的忧伤,却又充满了对未来的希望。
林允宁靠在沙发上,紧绷了几天的神经,终于在琴声中一点点松弛下来。
他看着那个在灯下弹琴的娇小身影,看着她随着音乐轻轻晃动的麻花辫,感觉心里某个地方变得很软。
芝加哥的风依旧很冷,但这间小小的公寓大厅,却因为琴声和共同的目标,变得异常温暖。
连日奋战,身心俱疲的林允宁,听着那动听的旋律,眼皮越来越重。
不知不觉间,他沉沉睡去。